在WonderSwan上发售的系列。采取了和其他作品很不同的游戏系统。除了《COMPACT2》的3部作外，其余两部作品间并无故事联系。
COMPACT系列
- 第一作
- 超级机器人大战COMPACT WS
- 超级机器人大战COMPACT for WonderSwanColor WSC
- 第二作
- 超级机器人大战COMPACT2 第1部:地上激动篇 WSC
- 超级机器人大战COMPACT2 第2部:宇宙激震篇 WSC
- 超级机器人大战COMPACT2 第3部:银河决戦篇 WSC
- 超级机器人大战IMPACT PS2 COMPACT2三部曲重制版 （已通关，游戏流程巨长要耐着性子慢慢玩）
- 第三作
- 超级机器人大战COMPACT3 WSC